QuantaSep ist ein PC-gesteuertes Chromatographiesystem, das sowohl manuell als auch automatisch Trennläufe durchführen lässt. Die Software ist einfach zu bedienen und wird in allen QuantaSep-Systemen genutzt. Die beiden Pumpen (Positive Verdrängerpumpen ohne Checkvalves) werden über je 6 Puffereingänge bedient. Isokratische, lineare und Stufengradienten können durchgeführt werden. Die Trennläufe können manuell durch einfaches Anklicken der Einzelkomponenten im Flußschema des Systems am Bildschirm durchgeführt werden oder durch Programmieren mittels Ausfüllen eines Spreadsheets (assistiert durch Pulldown-Menues).

Bis zu 3 Chromatographiesäulen, die vorwärts und rückwärts betrieben werden können, können an die Systeme angeschlossen werden. Ein Bypass erlaubt das Spülen des Systems. Das QuantaSep Chromatographiesystem ist ausgestattet mit Druck-, Temperatur-, Leitfähigkeit- und UV-Sensoren (254 + 280 nm).

Ein spezieller Luftblasensensor schützt die Chromatographiesäule – damit wird keine Blasenfalle benötigt. Das Sammeln von Fraktionen kann basierend auf Zeit, Volumen oder Sensorsignal erfolgen. Es sind 10 Fraktionsausgänge vorhanden. An einen von diesen kann ein externer Fraktionskollektor angeschlossen werden. Die Software speichert alle Events, Alarme und Aktivitäten. Sie ist 21 CFR part 11 konform und produziert cGMP Reports.

Diese Version des QuantaSep ist in 3 Formaten erhältlich: QuantaSep 100 (bis 100 ml/min), QuantaSep 1000 (bis 1000 ml/min) und QuantaSep 1800 (bis 1800 ml/min).